En 1317, le diocèse de Poitiers est divisé en trois. Maillezais et Luçon deviennent cités épiscopales. L’abbatiale du marais devient cathédrale. Mais, les Guerres de Cent Ans imposent à l’évêque Jean de Marçonnay de compléter le système de défense. Il fait murer le massif occidental, le protège par un chemin de ronde sur mâchicoulis et fortifie l’ensemble avec un fossé.
Jusqu’au XVIème siècle, l’abbaye grandit et tient une place majeure en Bas-Poitou, autant sur le plan religieux, économique qu’artistique, puisque Rabelais y réside durant cinq ans, à partir de 1524-1525.
C’est là qu’il écrira Gargantua et Pantagruel.
Une histoire glorieuse qui s’interrompt pourtant brutalement avec les Guerres de Religion. Il faut dire que l’abbaye devient alors un point stratégique : ruinée dès 1562, elle est confiée, en 1589, au poète huguenot, Agrippa d’Aubigné, par Henri IV, qui le charge de la fortifier et de l’administrer. À la suite de la promulgation de l’Édit de Nantes, elle deviendra place de sûreté protestante.
Au XVIIème siècle, l’abbaye est abandonnée à la suite du transfert du siège épiscopal à La Rochelle en 1666, puis elle est vendue comme bien national en 1791, enfin elle devient carrière de pierres dans les années 1800.
Sauvée in extremis au XIXème siècle par des érudits, elle est depuis 1996 la propriété du Département de la Vendée, qui en poursuit la restauration et la mise en valeur.
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