De l'église originelle, il ne reste plus que la travée principale. Le bas-côté de gauche a été muré, tandis que celui de droite est devenu un couloir.
En 1532, l'abbaye est mise en commende, c'est à dire que l'abbé qui bénéficiait des revenus du domaine n'était pas tenu d'y résider, ni même d'en respecter les règles. Les chanoines perdent leurs privilèges, tandis que la communauté n'est plus dirigée que par un prieur.
Des différentes sépultures qui se trouvaient dans l'église, il ne reste plus aujourd'hui que celles du seigneur de Kergosou et de son épouse, ainsi que la pierre tombale d'un chevalier du XVe siècle non identifié.
Après la mise en commende de l'abbaye, les mœurs des moines se relâchèrent, tandis que le cloître devenait accessible aux laïcs. Ce fut à tel point qu'un dicton affirmait qu'il n'y avait pas un moine qui n'ait sa compagne à Paimpol.
Sur l'arrière de l'abbaye se trouvent deux jardins séparés par un mur, dans lesquels les moines cultivaient des légumes et des simples. Par-dessus l'enceinte extérieure, ils pouvaient profiter de ce paysage.
Au début du XVIIe siècle, le scandale provoqué par l'attitude des moines incita l'abbé de La Lucerne, l'abbaye mère de Beauport, à essayer de remettre un peu d'ordre dans le domaine. Les moines résistent jusqu'à 1630, puis entrent finalement dans la Communauté de l'Antique Rigueur de l'Ordre des Prémontrés. Le cloître se referme sur les religieux en rejetant les laïcs à l'extérieur. Pour maintenir l'ordre, l'abbé fait de Beauport le siège d'un noviciat commun pour toutes les abbayes de même obédience.
Le réfectoire est une vaste pièce avec huit arcades en plein cintre donnant sur le vaste verger, puis la mer. A son extrémité nord, un escalier donne accès à un petit local où se plaçait le chanoine chargé de faire la lecture durant le repas. Sur la droite, au fond, vous apercevez la porte donnant sur la cuisine.
Malgré la reprise en main, en 1651 l'état du monastère est toujours catastrophique. l'eau s'infiltre dans le dortoir et le réfectoire, il n'y a ni chauffage ni infirmerie.
En 1654, comme l'abbé bénéficiaire de la commende ne vient que très rarement, son logis avec les dépendances est séparé de l'espace monastique.
Ce paysage n'était sans doute pas visible aussi clairement à l'époque où l'abbaye fonctionnait. Il faut penser que les grandes fenêtres étaient certainement obturées pour se protéger des éléments.
De 1678 à 1722, l'abbé Alexandre de la Rochefoucault abandonne aux religieux les revenus et les charges de l'abbaye contre une pension de 8 000 livres. Les moines profitent de ces rentrées d'argent pour restaurer l'église.
Contrairement au nom qu'elle porte, cette bâtisse construite à l'extérieur de l'enceinte monastique n'a jamais abrité le duc de Bretagne. C'était la demeure de l'abbé commendataire qui fut très peu utilisée.
Au cours du XVIIIe siècle, la règle se relâche à nouveau. La création des séminaires retire sa raison d'être à l'abbaye qui ne forme plus les nouveaux prêtres. Alphonse-Constance de Pontevès, l'aumônier de Louis XVI, est le dernier abbé. Lorsque survient la Révolution, l'abbaye est en pleine décadence. Elle n'abrite plus que 19 religieux.
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